1、招生形式不同
五年一贯制大专是针对初中应届毕业生进行招生的，学制为全日制五年，不需要参加高考和中职升高职的升学考试，是属于国家计划内招生，统招文凭，国家电子注册。实行“4+1”的教学模式，也就是说前两年是学习公共课及专业基础课，中间两年就是学习专业课程，最后一年是到就业单位进行顶岗实习。
三二连读制也就是“3+2”模式，也是我国高等职业教育的组成部分，也是大专范畴，招收初中毕业生，学制为五年(三年中专+两年大专)被录取接受“三二连读”高职教育的学生，前3年在普通中专学校学习，执行普通中专收费标准;后两年执行普通高校收费标准。
但是在这中间需要参加一次中职升高职的考试，毕业颁发普通两年制高等教育专科毕业证书，享受三年制专科毕业生同等待遇。未能通过进入高职院校者，按中专毕业生处理。
2、学费收取不同
五年一贯制高职由普通高职院校举办，实行五年连贯教学，学费按高职收费标准分年收取“3+2”大专也叫分段制高职，顾名思义就是指5年学习时间分为两段，即前3年在普通中专学习，后两年在相应的高职院校学习，教学计划由普通中专和高职院校共同制定，分段教学。
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